Il territorio di Rufina si distende sulle colline a Est del Fiume Sieve, da secoli terra di oliveti e, soprattutto, di vigneti: Rùfina ha dato infatti il nome ad un'ottima qualità di vino Chianti.

Il capoluogo si è sviluppato ai piedi di Poggio Reale, una collinetta in posizione strategica, dove sorge una splendida villa, oggi sede del Museo della Vite e del Vino di Rufina. Sull'altra sponda del Fiume Sieve sorge Montebonello, frazione del comune di Pontassieve.
 

Gli altri centri abitati del comune sono:

• Contea, per metà nel territorio Comunale di Dicomano, servita dalla stazione ferroviaria
• Scopeti, dove si è sviluppata una piccola area industriale, anch'essa servita da una stazione
• Pomino, ridente sul versante sud della sua valle, famosa per i suoi vini e, un tempo, anche per il suo paesaggio
• Turicchi, Casi, Falgano, Castelnuovo, villaggi che hanno mantenuto gran parte del loro fascino campagnolo